国内定期航路一覧。季節運行も含む。"周遊"遊覧船は除く。
高速料金等大幅割引による影響 †
本四間航路・港湾短絡型は影響大。
これらは、橋と料金が拮抗して成り立っていた。歩行者・自転車(含原付)需要(通勤通学通院)もあり、通行禁止車両等の為にも必要である。また、トラックドライバーは休息中に海を渡ることができる。
不要だといって今廃止してしまうと…
影響を受けた航路：
- (09/03/31撤退) 津国汽船 (高松-宇野) 航路自体は存続(四国フェリー/国道フェリー)
- (09/04/30廃止) 中四国フェリー (波方-竹原)
- (09/05/01減便) 協和汽船 (大島(下田水)-今治) 減便(半減)
- (09/05/17減便) 四国フェリー/国道フェリー（高松-宇野) 土日祝減便 計77往復/日->計68往復/日
- (09/06/01寄港中止) 関西汽船/ダイヤモンドフェリー (大分-松山-今治-神戸-大阪) 今治,神戸寄港中止
- (09/06/26減便) 明石淡路フェリー(たこフェリー) 淡路島(岩屋)-明石 32往復/日->24往復/日 (徐々に回復中？)
- (09/06/30廃止) 呉・松山フェリー (松山(堀江)-呉(阿賀))
- (09/07/01減便) ジャンボフェリー (高松-神戸) 5往復/日->4往復/日
- (09/07/01減便) 三光汽船 (生口島()-因島(金山)) 日曜日運休化
- (09/07/01減便) 三原観光汽船 (生口島(沢)-三原(須波)) 18往復/日->14往復/日
- (09/09/05減便) 国道フェリー (高松-宇野) 早朝/夜減便 34往復/日->31往復/日
- (09/10/01＊＊) 防予汽船(松山(三津浜)-周防大島(屋代島・伊保田)-柳井)) 民事再生法申請(運航継続)
- (09/10/01減便) 阪九フェリー 北九州(新門司)-泉大津 2往復/日->1往復/日
- (09/10/31廃止) 大分ホバーフェリー (大分-大分空港)
- (09/11/30廃止?) 三原観光汽船 (生口島(沢)-三原(須波)、生口島(瀬戸田)-三原)
- (09/12/20減便) 四国フェリー (高松-宇野) 34往復/日->22往復/日、国道フェリー (高松-宇野) 31往復/日->22往復/日
- (10/01/31減便) フェリーさんふらわあ (関西汽船+ダイヤモンドフェリー) (大分-松山-大阪)減便・松山寄港廃止 2往復/日->1往復/日
- (10/02/12廃止表明->撤回) 四国フェリー/国道フェリー（高松-宇野)
- (10/03/24廃止表明->08/23撤回) 伊勢湾フェリー (鳥羽-伊良湖)
- (10/04/01減便) 国道フェリー (高松-宇野) 22往復/日->16往復/日 (四国フェリーとの合計>38往復/日)
- (10/04/01減便) 大昭汽船 (江田島(秋月)-呉(中央)) 平日14->12往復、土日祝日10->9往復
- (10/04/20減便) 防予汽船 (松山-柳井)
- (10/07/01減便) 大昭汽船 (江田島(秋月)-呉(中央)) 8往復化
- (10/09/30撤退) 防予汽船 (松山-柳井) 航路は防予フェリーにて継続
- (10/10/01高速船のみ) 江田島市 (西能美島(中町-高田)-広島(宇品)) フェリー休止(11/4廃止)、高速船のみに
- (10/10/31撤退) 大昭汽船 (江田島(秋月)-呉(中央)) 航路はバンカー・サプライにて継続
- (10/11/16休止) 明石淡路フェリー(たこフェリー) (淡路島(岩屋)-明石)
- (11/03/01高速船化・減便) 協和汽船 (大島(下田水)-今治) フェリー休止、高速船化、減便
- (11/03/23航路短縮) せと観光ボート (今治-大崎下島(御手洗-大長)-豊島-呉(中央)) 大崎下島(大長)-呉(中央) 廃止
- (11/04/30寄港廃止) フェリーさんふらわあ (大分-松山-大阪) 上り便松山寄港廃止 (松山寄港完全廃止)
- (11/08/21廃止) せと観光ボート (今治-大崎下島(御手洗)) 廃止
- (11/11/30休止) 関門海峡フェリー (小倉(日明)-下関(彦島新田))
- (12/06/29廃止) 明石淡路フェリー(たこフェリー) (淡路島(岩屋)-明石)
最新動向 †
- 2008/11/19 せと観光ボート 航路・寄港地変更 (今治-仁方 -> 今治-川尻)
- 2008/11/30 東日本フェリー 全航路廃止、青森-室蘭以外を道南自動車フェリーに移管
- 2008/12/31 女川-金華山 航路 「潮プランニング」にて運行再開 (旧丸中金華山汽船航路)
- 2009/03/31 熊本フェリー(天草下島(本渡)-熊本) 航路廃止
- 2009/04/01 天草宝島ライン(シークルーズ) ：天草下島(本渡)-三角 航路開設
- 2009/04/01 山陽商船：大崎下島(大長)-竹原 しまなみ海運に移管
- 2009/04/01 天草フェリーライン 休止航路再開 天草上島(合津)-八代 (2007/11-)
- 2009/04/30 中四国フェリー：波方-竹原 航路廃止・解散？
- 2009/06/01 関西汽船/ダイヤモンドフェリー (大分-松山-今治-神戸-大阪) 今治,神戸寄港中止
- 2009/06/30 呉・松山フェリー(松山(堀江)-呉(阿賀)) 航路廃止(解散予定)
- 2009/08/02 富山・如意の渡し 廃止 (架橋による)
- 2009/08/24 尾道・駅前渡船 運航再開 (沈没した桟橋の復旧完了による(08年末より運休))
- 2009/08/31 松阪高速船：松阪-中部国際空港 航路廃止
- 2009/09/01 津エアポートライン：松阪-中部国際空港 航路開設 (松阪高速船より移管)
- 2009/09/03 桑原海運：椛島(伊福貴-本窯)-福江島(福江) 運航放棄(補助金過剰請求発覚関連)、海上タクシーにて代替運航
- 2009/10/01 木口汽船：椛島(伊福貴-本窯)-福江島(福江) 航路開設 (桑原海運航路)
- 2009/10/31 大分ホバーフェリー：大分-大分空港 航路廃止(解散予定)
- 2009/10/31 山陽商船：大崎下島(小長)-大崎上島(明石) 航路廃止
- 2009/11/01 しまなみ海運：大崎下島(小長)-大崎上島(明石) 航路開設 (山陽商船より移管)
- 2009/11/06 マルエーフェリー：那覇-名瀬-志布志-東京、「ありあけ」横転座礁。当分の間運休
- 2009/09/30 伊豆箱根鉄道：浜名湖遊覧船 航路廃止
- 2009/10/01 サゴーエンタプライズ：浜名湖遊覧船 航路開設（伊豆箱根鉄道より譲渡）
- 2009/11/30 三原観光汽船：生口島(沢)-三原(須波)、[共同運行分]生口島(瀬戸田)-三原 航路廃止
- 2009/12/01 須波航路サービス：生口島(沢)-三原(須波) 航路開設 (三原観光汽船より移管)
- 2010/01/31 フェリーさんふらわあ(関西汽船+ダイヤモンドフェリー)：大分-松山-大阪、下り便松山寄港中止
- 2010/02/28 鹿児島交通(いわさきグループ)：山川-根占 航路休止、撤退
- 2010/03/18 マルエーフェリー：那覇-名瀬-志布志-東京 航路再開 (座礁「ありあけ」廃船、旧有村「飛龍21」購入・配船)
- (2010/06/30 大昭汽船：江田島(秋月)-呉(中央) 廃止検討中->当面は継続、9月末に11月以降を決定)
- 2010/07/17 日東商船：喜界島(湾)-奄美大島(宇宿) 航路開設 土日月のみ運航 (数ヶ月で運休)
- 2010/09/30 防予汽船：松山(三津浜)-周防大島(屋代島・伊保田)-柳井 航路廃止
- 2010/10/01 防予フェリー：松山(三津浜)-周防大島(屋代島・伊保田)-柳井 航路開設 (防予汽船航路引継)
- 2010/10/31 大昭汽船：江田島(秋月)-呉(中央) 航路廃止
- 2010/11/01 バンカー・サプライ：江田島(秋月)-呉(中央) 航路開設 (大昭汽船航路引継)
- 2010/11/01 友ヶ島航路 航路休止(-3/31) 加太港桟橋の架替工事の為
- 2010/11/01 四国汽船：直島(宮浦)-犬島 運航開始(定期航路化)
- 2010/11/12 四国汽船：直島(宮浦)-(豊島(家浦)(一部))-犬島 経由地追加
- 2010/11/16 明石淡路フェリー(たこフェリー)：淡路島(岩屋)-明石 航路休止
- 2010/12/01 せと観光ボート 航路・寄港地変更 (今治-川尻 -> 今治-呉(中央))、久比寄港廃止)
- 2011/02/01 鹿児島商船(新屋敷商事)：屋久島(宮之浦)-鹿児島 運休
- 2011/02/07 瀬戸内クルージング：弓削島-生名島(立石)-因島(土生)-尾道(新浜-駅前) 弓削島-因島間廃止 航路短縮
- 2011/02/07 弓削汽船：弓削島-因島島(土生) 車両航送廃止
- 2011/03/01 南九船舶：山川-根占 運航開始 (いわさき航路再開)
- 2011/03/11 東日本大震災により、三陸方面の航路に影響あり
- 2011/03/23 せと観光ボート：今治-大崎下島(御手洗-大長)-豊島-呉(中央)) 大崎下島(大長)-呉(中央) 廃止(航路短縮)
- 2011/03/30 愛知県・岐阜県：木曽川(日原渡船、葛木渡船)、長良川(日原渡船、森下渡船) 廃止
- 2011/03/31 宮本汽船(桑田渡船)：向島(山波)-尾道(肥浜) 航路廃止
- 2011/03/31 六島航路：六島(湛江-前浦)-真鍋島-(笠岡) 航路廃止
- 2011/03/31 興居島汽船：興居島(泊)-松山(高浜港) 航路廃止・清算
- 2011/03/31 豊浦汽船：大飛島(洲-北浦)-小飛島-北木島(豊浦)-高島-笠岡(神島)-笠岡 航路廃止
- 2011/04/01 三洋汽船：六島(湛江-前浦)-真鍋島-(笠岡)、大飛島(洲-北浦)-小飛島-北木島(豊浦)-高島-笠岡(神島)-笠岡 航路開設 (六島航路・豊浦汽船 航路引継)
- 2011/04/01 三洋汽船・豊浦汽船・六島航路(笠岡諸島航路) 合併・航路再編予定
- 2011/04/01 小冨士汽船：興居島(泊)-松山(高浜港) 航路開設 (興居島汽船航路引継)
- 2011/04/30 フェリーさんふらわあ：大分-松山-大阪、上り便松山寄港廃止 (松山寄港完全廃止)
- 2011/07/06 ジャンボフェリー (高松-神戸)、小豆島(坂手)寄港化 (小豆島ジャンボフェリー)
- 2011/08/21 せと観光ボート (今治-大崎下島(御手洗)) 廃止
- 2011/09/末 瀬戸内クルージング：弓削島-生名島(立石)-因島(土生)-尾道(新浜-駅前) 弓削島-因島間 航路再延長
- 2011/10? 笠岡諸島航路(三洋汽船) 再編予定
- 2011/11/30 関門海峡フェリー ：小倉(日明)-下関(彦島新田)) 航路休止
- 2012/02/01 宗像市：地島航路 鐘崎発を神湊発に変更
- 2012/05/31 瀬戸内クルージング：弓削島-生名島(立石)-因島(土生)-尾道(新浜-駅前) 航路廃止
- 2012/06/29 明石淡路フェリー(たこフェリー)：淡路島(岩屋)-明石 航路廃止 (2011/11より休止中)
- 2012/09/30 須賀利巡航船：須賀利-尾鷲 廃止
- 2012/10/01 今治市(関前航路)・大三島ブルーライン 統廃合(関前航路を大三島発、大崎上島航路をフェリーのみに)
- 2012/秋頃 日東商船：沖永良部島(知名)-与論島-沖縄本島(辺土名) 航路開設予定
他にも減便等相次ぐ
航路(現役) †
四島・沖縄間 †
 
北海道-本州 †
四国-本州 †
 
九州-本州 †
九州-四国 †
離島 †
北海道 †
日本海(東北-中国) †
- 島後島(西郷)・中ノ島(菱浦)・西ノ島(別府)・知夫里島(来居)-境港/七類 (隠岐汽船)
- 知夫里島(来居)-西ノ島(別府)-中ノ島(菱浦) (隠岐観光)
- 知夫里島(来居)-中ノ島(日須賀-菱浦)-西ノ島(別府) (隠岐観光)
- 知夫里島(来居)-西ノ島(浦郷) (隠岐観光)
- 知夫里島(来居-古海)-西ノ島(波止-浦郷) (冬期便) (隠岐観光)
- 見島-萩 (萩市)
- 相島-萩 (萩市)
- 大島-萩 (萩市)
- 蓋井島-下関(吉見) (下関市)
- 六連島-下関(竹崎) (下関市)
東北(太平洋側) †
東京・伊豆 †
- 初島-熱海/伊東 (富士急マリンリゾート)
- 伊豆大島-東京(竹芝)・横浜・熱海(東海汽船)
- 神津島・式根島・新島・利島・伊豆大島-横浜・東京(竹芝) (東海汽船)
- 神津島・式根島・新島・利島-下田 (神新汽船：時刻表)
- 式根島-新島 (新島村)
- 八丈島・御蔵島・三宅島-東京(竹芝) (東海汽船)
- 青ヶ島-八丈島 (伊豆諸島開発)
- 父島-東京(竹芝) (小笠原海運)
- 母島-父島 (伊豆諸島開発)
伊勢湾・紀伊半島 †
- 神島-伊良湖 (神島観光船)
- 神島-菅島-鳥羽(佐田浜)-坂手島-鳥羽(中之郷) (鳥羽市)
- 答志島(答志)-答志島(和具)-鳥羽(佐田浜)-坂手島-鳥羽(中之郷) (鳥羽市)
- 答志島(桃取)-鳥羽(佐田浜)-坂手島-鳥羽(中之郷) (鳥羽市)
- 菅島-鳥羽(佐田浜)-坂手島-鳥羽(中之郷) (鳥羽市)
- 坂手島-鳥羽(佐田浜)-鳥羽(中之郷 (鳥羽市)
- 渡鹿野島 (民間/県営道路渡船)
- 間崎島-賢島・和具 (志摩マリンレジャー)
- 友ヶ島(沖ノ島)-加太 (JF加太)
- 沖島(琵琶湖)-近江八幡(堀切) (沖島通船)
瀬戸内 †
兵庫
- 家島-姫路 (高速いえしま/高福ライナー：時刻表)
- (西島)-坊勢島-男鹿島-姫路 (坊勢汽船)
- (西島)-坊勢島-姫路 (ラピート桂：時刻表)
- (西島)-坊勢島(奈座)-家島(網手) (坊勢渡船)
- 坊勢島(長井)-家島(網手) (坊勢渡船)
小豆島
岡山・香川
- 大多府島-頭島-鴻島-鹿久居島-日生 (日生諸島) (大生汽船)
- 前島-牛窓 (前島フェリー(牛島町緑の村公社))
- 犬島-宝伝 (あけぼの丸：時刻表)
- 大島-高松/庵治 (大島青松園)
- 男木島-女木島-高松 (雌雄島海運：時刻表)
- 直島(宮浦)-宇野 (四国汽船)
- 直島(風戸)-宇野 (四国汽船/本四フェリー(津国汽船))
- 直島(本村)-宇野 (四国汽船)
- 直島(宮浦)-(豊島(家浦))-犬島 (四国汽船)
- 直島(宮浦)-高松 (四国汽船)
- 本島-児島 (本島汽船/六口丸海運 時刻表)
- 本島-牛島(里浦)-丸亀 (本島汽船：時刻表)
- 手島-小手島-広島(青木)-広島(甲路)-広島(江ノ浦)-丸亀 (備讃フェリー：時刻表)
- 広島(茂浦)-広島(市井)-広島(青木)-広島(甲路)-丸亀 (広島汽船：時刻表)
- 六島(湛江-前浦)-真鍋島-(笠岡) (六島航路)
- 白石島-笠岡(伏越) (白石フェリー)
- 白石島-笠岡 (三洋汽船)
- 真鍋島(岩坪-真鍋島)-北木島(北木島-楠)-白石島-高島-神島-笠岡 (三洋汽船)
- 大飛島(洲-北浦)-小飛島-北木島(豊浦)-高島-笠岡(神島)-笠岡 (豊浦汽船)
- 北木島(豊浦-金風呂)-笠岡(伏越) (大福丸/蛭子丸/金風呂丸：瀬戸内クルージング)
- 真鍋島-佐柳島 (三洋汽船)
- 佐柳島(長崎)-多度津 (徳丸)
- 佐柳島・高見島-多度津 (三洋汽船)
- 須田-粟島-粟島(上新田)-志々島-宮ノ下 (粟島汽船:時刻表)
- 伊吹島-観音寺 (観音寺市)
広島・愛媛
- 仙酔島-鞆の浦 (福山市)
- 走島-鞆の浦 (走島汽船)
- 常石-百島(福田)-満越-向島(歌)-戸崎-尾道 (備後商船)
- 細島-因島(西浜) (尾道市)
- 因島(重井)-佐木島(佐木)-三原 (土生商船)
- 佐木島(向田)-三原 (三原海陸運輸)
- 生口島(瀬戸田)-生口島(沢)-佐木島(須ノ上)-因島(重井)-尾道(新浜-駅前) (瀬戸田運航>瀬戸内クルージング)
- 生口島(沢)-三原(須波) (三原観光汽船)
- 生口島(瀬戸田-沢)-佐木島(向田)-小佐木島-三原 (マルト汽船)
- 大三島(井口)-生口島(瀬戸田-沢)-三原 (2008/10/16井口航路廃止、三原観光汽船/ほうらい汽船/御島運輸)
- 岩城島(小漕)-生口島(洲江) (三光汽船)
- 岩城島(長江)-因島(土生) (長江フェリー/岩城汽船/因島海運)
- 岩城島(岩城-海原-船越-長江)-因島(土生) (岩城汽船)
- 生名島(深浦)-因島(長崎) (生名公営渡船)
- 因島(土生)-生名島(立石)-因島(重井)-三原 (土生商船)
- 弓削島-佐島-生名島-因島(土生) (弓削汽船)
- 弓削島(上弓削)-因島(家老渡) (家老渡フェリー)
- 因島(土生)-生名島-弓削島-佐島-岩城島-伯方島(木浦)-大島(友浦)-今治 (芸予汽船)
- 魚島-高井神島-豊島-弓削島-因島(土生) (上島町)
- 大島-新居浜(黒島) (新居浜市)
- 四阪島-新居浜 (従業員専用?,住鉱物流)
- 伯方島(尾浦)-鵜島-大島(宮窪) (シーセブン)
- 津島-大島(幸) (今治市)
- 津島-今治 (津島渡船)
- 大島(下田水)-今治 (協和汽船)
- 馬島-小島-来島-今治(波止浜) (くるしま)
- 大三島(宮浦)-大崎上島(一〆目-天満)-大三島(宗方)-今治 (大三島ブルーライン)
- 大久野島-忠海 (休暇村大久野島)
- 大三島(盛)-大久野島-忠海 (大三島フェリー)
- 契島-竹原(北崎-内港)(契島運輸)
- 契島-大崎上島(白水) (契島運輸)
- 契島-生野島-大崎上島(白水) (大崎上島町)
- 大崎上島(垂水)-竹原 (山陽商船/大崎汽船)
- 大崎上島(白水)-竹原 (山陽商船/大崎汽船)
- 大崎上島(大西-(大串))-安芸津 (安芸津フェリー)
- 大崎下島(大長)-大崎上島(明石-沖浦-天満-一〆目-めばる)-竹原 (山陽商船)
- 大崎下島(大長-(御手洗))-大崎上島(明石-沖浦-天満-一〆目-めばる)-大久野島-三原 (山陽商船)
- 大崎下島(小長)-大崎上島(明石) (山陽商船)
- 三角島-大崎下島(久比) (呉市)
- 斎島-大崎下島(大浜)-豊島-大崎下島(立花-久比) (斎島汽船)
- 岡村島-小大下島-大下島-今治 (今治市)
- 情島-阿賀 (つかさ(たか丸))
- 似島-(似島(学園))-広島(宇品) (似島汽船)
- 似島(学園)-広島(宇品) (バンカー・サプライ)
- 金輪島-広島(宇品) (金輪島会)
- 江田島(小用)-呉(中央) (ファーストビーチ)
- 江田島(切串)-呉(ポートピアパーク) (せとうち物流)
- 江田島(切串)-広島(宇品) (上村汽船/ファーストビーチ)
- 江田島(小用-(切串))-広島(宇品) (ファーストビーチ)
- 西能美島(三高)-江田島(大須)-広島(宇品) (芸備商船)
- 西能美島(中町-高田)-広島(宇品) (江田島市)
- 中町-能美ロッジ-高田-宇品 (江田島市)
- 秋月-呉(中央) (大昭汽船->バンカー・サプライ)
- 厳島(宮島)-グランドプリンスホテル広島-広島(宇品) (ファーストビーチ)
- 厳島(宮島)-広島(平和公園) ((世界遺産航路)アクアネット広島)
- 厳島(宮島)-宮島口 (JR西日本/宮島松大汽船)
 
- 阿多田島-大竹(小方) (阿多田島汽船)
- 安居島-北条 (新喜峰)
- 鹿島-松山(中須賀) (松山市)
- 中島(大浦)-野忽那島-睦月島-松山(高浜-三津浜) (中島汽船)
- 中島(西中)-怒和島(上怒和-元怒和)-津和地島-二神島-中島(神浦)-釣島-松山(高浜-三津浜) (中島汽船)
- 興居島(由良)-松山(高浜) (小冨士汽船)
- 興居島(泊)-松山(高浜) (興居島汽船)
- 青島-大洲(長浜) (青島海運)
- 大島-八幡浜 (田中輸送)
- 九島(本九島-百之浦-蛤)-宇和島 (盛運汽船)
- 嘉島-矢ヶ浜-戸島(小内浦-戸島)-大島-蒋淵-高助-津ノ浦-水ヶ浦-矢ノ浦-宇和島 (離島+沿岸航路) (盛運汽船)
- 日振島(能登-明海-喜路)-津ノ浦-水ヶ浦-矢ノ浦-宇和島 (離島+沿岸航路) (盛運汽船)
- 宇和島-嘉島-戸島(小内浦-戸島)-日振島(喜路-明海-能登) (盛運汽船)
山口
- 柱島-端島-黒島-岩国 (岩国柱島海運)
- 前島-周防大島(屋代島)(久賀) (周防大島町営)
- 浮島-周防大島(屋代島)(日前) (周防大島町営)
- 情島-周防大島(屋代島)(伊保田) (周防大島町営)
- 笠佐島-周防大島(屋代島)(小松) (周防大島町営)
- 平郡島(東)-平郡島(西)-柳井 (平群航路)
- 八島-室津-長島(上関) (上関町)
- 祝島-四代-蒲井-上関-室津-柳井 (上関航運)
- 麻里府-馬島-佐合島-佐賀 (熊南総合事務組合)
- 牛島-室積 (牛島海運)
- 大津島(本浦-馬島-刈尾-瀬戸浜)-黒髪島-徳山 (大津島巡航)
- 野島-防府(三田尻) (野島海運:時刻表)
- 巌流島-下関(唐戸) (関門汽船)
- 巌流島-門司 (関門汽船)
徳島・高知 †
- 伊島-答島 (伊島連絡交通事業)
- 出羽島-牟岐 (出羽島連絡事業)
- 鵜来島・沖の島-宿毛(片島) 宿毛市
- 鹿島-(中泊)-船越 (季節便、愛南町)
九州北部・東部 †
- 藍島-馬島-小倉 (北九州市渡船事業所)
- 地島(白浜)-地島(泊)-神湊 (宗像市) (2012/2/1より本土側を鐘崎より神湊に変更)
- 大島- (宗像市)
- 相島-新宮 (新宮町)
- 志賀島-大岳-西戸崎-博多 (福岡市)
- 玄界島-博多 (福岡市)
- 小呂島-姪浜 (福岡市)
- 能古島-姪浜 (福岡市)
- 対馬(比田勝)-博多 (九州郵船)
- 対馬(厳原)-壱岐(郷ノ浦/芦辺)-博多 (九州郵船)
- 壱岐(印通寺)-唐津 (九州郵船)
- 大島-長島-原島-渡良浦-壱岐(郷ノ浦) (壱岐市)
- 姫島-岐志 (志摩町)
- 高島-唐津 (JF唐津：時刻表)
- 神集島-湊 (JF唐津/ユージングボート宇野、09/04から「唐津汽船」に一本化：時刻表)
- 小川島-呼子 (川口汽船)
- 加唐島-呼子 (加唐島汽船)
- 松島-呼子 (新栄)
- 馬渡島-名護屋-呼子 (郵正丸)
- 向島-星賀 (向島丸)
- 福島-浦の崎 (金子廻漕店)
- 鷹島(日比)-星賀 (松尾フェリー)
- 鷹島(殿浦)-飛島-松浦(今福) (鷹島汽船)
- 鷹島(阿翁・船唐津)-黒島-青島-御厨 (鷹島汽船)
- 大島(的山・神浦)-平戸(田平・平戸) (平戸市)
- 大島(的山)-平戸島(薄香)/平戸(田平) (美咲海送)
- 度島(本村・飯盛)-平戸 (竹山運輸)
- 高島-平戸島(宮の浦) (平戸市委託)
- 平戸島(前津吉)-相浦-佐世保(新みなと) (津吉商船)
- 姫島-国見(伊美) (姫島村)
- 地無垢島-津久見 (津久見市)
- 保戸島-津久見 (やま丸：時刻表)
- 大入島(竹ケ谷-塩内-日向泊-高松)-佐伯 (豊海運(常栄丸))
- 大入島(片神-堀切-久保浦-守後)-佐伯 (豊海運(常栄丸))
- 大入島(石間)-佐伯 (大入島観光フェリー)
- 大入島(荒網代)-佐伯 (荒吉丸個人?))
- 大入島(石間)-佐伯 (石間丸個人?))
- 大島(田の浦-地下)-丹賀-佐伯 (佐伯市)
- 深島-屋形島-佐伯(蒲江) (蒲江交通)
西海・五島列島 †
- 高島-伊王島-神の島-長崎 (長崎汽船)
- 黒島-高島-相浦 (黒島旅客船)
- 松島(釜浦)-瀬戸 (西海市)
- 松島(内浦)-瀬戸(樫の浦) (江崎海陸運送)
- 神浦-池島-瀬戸-松島-大島-面高-佐世保 (西海沿岸商船)
- 福江島(福江)-奈留島-若松島-中通島(青方)-小値賀島-宇久島(平)-博多 (野母商船)
- 宇久島(神浦)-寺島-小値賀島(柳) (佐世保市)
- 納島-小値賀島(柳) (小値賀町)
- 大島-小値賀島(笛吹) (小値賀町)
- 六島-野崎島-小値賀島(笛吹) (小値賀町)
- 中通島(有川)-小値賀島(？)-宇久島(平)-佐世保 (九州商船)
- 宇久島(平)-小値賀島(？)-佐世保 (九州商船/美咲海送(09年5月撤退))
- 中通島（有川）-佐世保 (九州商船)
- 中通島(友住) -平島-江島-大島(崎戸)-佐世保 (崎戸商船)
- 中通島(鯛ノ浦)-長崎 (五島産業汽船)
- 福江島(福江)-中通島(奈良尾)-長崎 (九州商船)
- 若松島(若松)-中通島(宿ノ浦-白魚-郷ノ首) (新上五島町)
- 若松-神ノ浦-小河原-大平 (新上五島町)
- 鵜ノ瀬-間伏-榊ノ浦-月ノ浦 (新上五島町)
- 福江-奈留島(浦郷)-若松島(若松) (五島旅客船)
- 福江-奈留島(浦郷)-若松島(土井浦-若松)-中通島(郷ノ首) (五島旅客船)
- 前島-奈留島(笠松-浦) (五島市奈留支所)
- 椛島(伊福貴-本窯)-福江島(福江) (桑原海運(09/09/03運航停止)->木口汽船(09/10/01))
- 福江島(奥浦)-久賀島(田の浦)-福江 (木口汽船)
- 黄島-赤島-福江島(福江) (黄島海運)
- 黒島-福江島(富江) (五島市富江支所 )
- 玉之浦-荒川 (五島市玉之浦支所)
- 嵯峨島-福江島(貝津) (嵯峨島旅客船)
天草諸島 †
- 天草下島(富岡)-茂木 (安田産業汽船)
- 天草下島(鬼池)-口之津 (島原鉄道)
- 天草下島(本渡)-三角 (シークルーズ：天草宝島ライン)
- 天草上島(合津)-八代 (松島フェリー、天草フェリーライン09/4/1再開)
- 天草上島(棚底-赤崎-池の浦)-横浦島(与市浦-横浦)-御所浦島(？-嵐口)-天草上島(小屋川内)-樋島-天草上島(高戸-姫戸-牟田)-三角 (山畑運輸)
- 天草上島(棚底-赤崎-池の浦)-横浦島(与市浦-横浦-御所浦島(？-嵐口)-天草上島(小屋川内)-樋島-天草上島(高戸-二間戸-姫戸)-八代 (木本泰義)
- 天草下島(本渡)-天草上島(棚底-池の浦)-横浦島(与市浦-横浦)-御所浦島(？-嵐口)-天草上島(小屋川内)-樋島-天草上島(高戸-二間戸-姫戸-永目-牟田)-八代 (天草観光汽船)
- 獅子島(御所浦・片側)-諸浦島(葛輪)-伊唐島-長島(宮之浦)-米之津 (波戸汽船)
- 御所浦島(？)-横浦島(与一浦)-天草上島(棚底)/天草上島(大道) (共同フェリー)
- 御所浦島(？-嵐口)-横浦島(横浦-与市浦)-天草上島(赤崎-棚底)-天草下島(本渡) (栄汽船)
- 天草下島(蔵之元)-天草松島(牛深) (三和商船)
- 長島(諸浦)-獅子島(片側)-天草下島(中田) (天長フェリー)
- 獅子島(幣串)-伊唐島-長島(宮之浦) (山坂汽船)
宮崎・鹿児島 †
- 島浦島-浦城 (日豊汽船)
- 大島(竹之尻-小浜)-目井津 (日南市)
- 大島-阿久根 (南国海運)
- 下甑島(手打-長浜-鹿島)-上甑島(中甑-里)-串木野 (甑島商船)
- 黒島(片泊-大里)-硫黄島-竹島-鹿児島 (三島村)
- 屋久島(宮之浦/安房)・種子島(西之表)-(指宿-)鹿児島 (コスモライン,鹿児島商船>種子屋久高速船)
- 口永良部島-屋久島(宮之浦)-種子島(島間) (屋久島町)
- (奄美大島(名瀬))-宝島-小宝島-悪石島-諏訪之瀬島-平島-中之島-口之島-鹿児島 (十島村)
- 加計呂間島(瀬相/生間)-奄美大島(古仁屋) (瀬戸内町)
- 与路島-請島(池地-請阿室)-奄美大島(古仁屋) (瀬戸内町)
- 沖永良部島(知名)-徳之島(平土野)-奄美大島(古仁屋-名瀬)-喜界島-鹿児島 (奄美海運)
沖縄 †
- 伊平屋島-運天 (伊平屋島)
- 伊是名島-運天 (伊是名島)
- 伊江島-本部 (伊江村)
- 水納島-本部 (水納海運)
- 粟国島-那覇(泊) (粟国村)
- 座間味島-阿嘉島-那覇(泊) (座間味村)
- 渡嘉敷島-那覇(泊) (渡嘉敷村)
- 久米島(兼城)-渡名喜島-那覇(泊) (久米商船)
- 津堅島-平敷屋 (勝連海運/神谷観光)
- 久高島-沖縄(安座真) (久高海運)
- 北大東島-南大東島-那覇(泊) (大東海運)
- 大神島-宮古島(島尻) (大神海運)
- 伊良部島(佐良浜)-宮古島(平良) (宮古フェリー/はやて海運)
- 多良間島-宮古島(平良) (多良間島海運)
- 鳩間島-西表島(上原)-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 西表島(上原)-鳩間島-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 西表島(大原)-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 竹富島-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 小浜島-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 小浜島-竹富島 (八重山観光フェリー)
- 小浜島-西表島(大原) (八重山観光フェリー)
- 黒島-石垣島 (八重山観光フェリー)
- 石垣島-各離島(かりゆし・平成丸) (八重山観光フェリー)
- 鳩間島-西表島(上原)-石垣島 (安栄観光)
- 西表島(大原)-石垣島 (安栄観光)
- 竹富島-石垣島 (安栄観光)
- 小浜島-石垣島 (安栄観光)
- 黒島-石垣島 (安栄観光)
- 波照間島-石垣島 (波照間海運)
- 与那国島-石垣島 (福山海運)
港湾短絡・沿岸・湖沼・空港アクセス †
生活航路・中距離 †
- 宮津-文珠(天橋立)-府中(一の宮) (天橋立,丹後海陸交通)
尾道-向島
- 向島(富浜)-尾道(駅前) (駅前渡船(向島運航))
- 岡崎渡船(鳴門市)
- 黒崎渡船(鳴門市)
- 島田渡船(鳴門市)
- 阿波井(鳴門市)
- 三津浜-港山(松山港・愛媛)
- 長浜(梶ヶ浦)-種崎 (浦戸湾・高知,高知県)
- 坂内-鳴無-横浪-須ノ浦-福良-今川内-長崎-塩間-深浦-下中山-松ヶ崎-埋立 (横浪三里=内之浦湾・高知,須崎市)
- 仁位-卯麦-貝口-佐志賀-嵯峨-貝鮒-水崎-加志々-樽ヶ浜 (対馬:浅茅湾、対馬市営)
- 若松-戸畑 (北九州市)
- 海の中道-百道(マリゾン) (安田産業汽船)
- 海の中道-博多 (安田産業汽船)
- 川内-畑下-小郡-横瀬東-横瀬西-(寄船)-佐世保 (瀬川汽船)
- 大村-長崎空港-長崎(時津) (安田産業汽船)
- ハウステンボス-長崎空港 (安田産業汽船)
- 長崎-遠見-陰の尾-長浜 (野母商船,三菱重工業長崎造船所香焼工場通勤専用)
- 長洲-多比良(有明海) (有明フェリー/有明海自動車航送船組合)
- 熊本-島原(有明海) (熊本フェリー/九商フェリー)
- 三池-島原 (島原鉄道)
- 鹿児島-桜島 (鹿児島市)
- 鹿児島(鴨池)-垂水 (大隅交通ネットワーク)
- 山川-根占 (鹿児島交通(いわさきグループ)>南九船舶) (11/03/01航路再開)
観光船等 †
- 佐井-仏ヶ浦 (仏ヶ浦海上観光)
- 脇野沢-仏ヶ浦 (むつ市)
- 休屋-子の口 (十和田湖,冬期休業)
- 白浜-潟尻 (田沢湖)
- 浄土ヶ浜-田老 (季節航路)
- 磐梯高原-白樺山の家 (檜原湖,冬期休業)
- 船の駅中禅寺-菖蒲ガ浜-立木観音-船の駅中禅寺 (中禅寺湖,冬期休業)
- 船の駅中禅寺-菖蒲ガ浜-千手ガ浜 (中禅寺湖,夏期のみ)
- 浅草-浜離宮-日の出桟橋 (東京都観光汽船)
- 浅草-お台場-豊洲-浅草 (東京都観光汽船)
- 日の出桟橋-晴海-お台場 (東京都観光汽船)
- 日の出桟橋-東京ビッグサイト-パレットタウン (月火運休,東京都観光汽船)
- 箱根町-元箱根-桃源台-箱根町 (箱根・芦ノ湖,箱根観光船)
- 箱根関所跡-元箱根-箱根園-湖尻 (箱根・芦ノ湖,伊豆箱根鉄道)
- 下田-石廊崎 (伊豆クルーズ)
- 浜名湖
- 大島-蒲郡 (蒲郡観光汽船)
- 富岩運河環水公園-中島閘門-岩瀬カナル会館 (富岩水上ライン,4月-11月の土日祝)
- 三段峡 (4/29-11/23)
河川等(道路渡船) †
木曽三川
大阪
航路(廃止) †
四島間・本州沿岸 †
- 仙台-東京
- 高知-南紀勝浦-東京
- 大分(乙津)-南紀勝浦-名古屋
- 鹿児島-高知-名古屋 (日本高速フェリー)
- 松阪-東京 (フジフェリー)
- 広島-大阪 (広島グリーンフェリー)
- 日向-高知-川崎
北海道-本州 †
- 釧路-十勝-東京 (1999,近海郵船)
- 苫小牧-東京 (1990,日本沿海フェリー)
- 小樽-新潟-敦賀
東日本フェリー(利用者減少・経営悪化により)
- 室蘭-直江津 (2006年12月末休止)
- 室蘭-青森 (2008年11月末廃止)
- 福島-三厩
- 函館-野辺地
- 戸井-大間
- 室蘭-大間 (1991休止)
- 室蘭-大畑 (1998休止)
- 室蘭-八戸 (2006休止)
- 室蘭-大洗 (2002休止)
- 岩内-直江津
- 各種
国鉄(JR)
四国-本州 (島への寄港便のぞく) †
- 高知-勝浦・東京 (2001)
- 高知-(あしずり/甲浦)-大阪
- あしずり-甲浦-神戸/大阪
- 室戸-日和佐-神戸-大阪
- 高松-神戸
- 松山-今治-神戸
- 松山(堀江)-呉(阿賀) (呉・松山フェリー、2009/06/30)
- 徳島-大阪
- 徳島-神戸-大阪
- 徳島-泉佐野
- 徳島-深日 (共同汽船等?)
- 小松島-大阪 (共同汽船)
- 小松島-神戸-大阪
- 小松島-和歌山 (南海汽船)
- 鳴門-大阪
- 新居浜-川之江-東神戸
国鉄(JR)
- 宇高航路 (高松-宇野)
- 仁堀航路 (堀江-仁方) (1982)
九州-本州 †
- 大分(大在)-横須賀(久里浜) (2007,シャトル・ハイウェイライン)
- 博多-直江津 (廃止(「運休」中),東日本フェリー)
- 国東-徳山 (休止)
- 別府-呉-広島 (1999,広別汽船)
- 日向-川崎
- 日向-神戸
- 日向-貝塚 (休止)
- 日向-広島
- 別府-柳井-広島-呉 (2005休止?,ソレイユエクスプレス)
- 鹿児島-(志布志)-大阪
- 新門司-(四日市)-名古屋 (名門カーフェリー)
- 小倉-神戸
- 苅田-大阪
- 苅田-神戸
九州-四国 †
- 門司-(下関:休止)-松山 (石崎汽船,2008/01廃止)
- 別府-宇和島
- 門司-宇和島
- 吉田-宇和島
- 佐伯-八幡浜
- 佐伯-宇和島
- 臼杵-八幡浜-宇和島
- 別府-三崎 (宇和島運輸フェリー、2008/08廃止)
- 別府-深浦-宿毛
沖縄 †
- 高雄(台湾)-基隆(台湾)-石垣-宮古-那覇-大阪-名古屋 (有村産業、08/6/5から運休)
- 那覇-博多 (2006,琉球海運)
- 那覇-鹿児島 (2006,琉球海運)
- 那覇-名瀬-神戸
離島 †
架橋により廃止になることも
- 小樽-利尻島(沓形)-礼文島(香深-船泊)-利尻島(鷲泊-鬼脇)-小樽 (北海商船)
- 大島要害-気仙沼 (大島合同汽船)
- 宮戸島(大鷹森)-朴島(-浦戸諸島-塩竃:現役) (1992)
- 伊豆大島(元町)-江ノ島
- 伊豆大島(元町)-伊東
- 伊豆大島(元町)-稲取
- 佐渡島(小木)-新潟？
- 佐渡島(赤泊)-新潟 (1989)
- 佐渡島(小木)-柏崎 (1977)
- 佐渡島(小木)-珠洲(飯田) (1975-1978,日本海観光フェリー)
- 佐渡島(小木)-珠洲(飯田)-七尾・和倉 (1978-1981?)
- 能登島(佐波)-能登島(須曽)-七尾 (1982,能登商船)
- 能登島(通)-長浦? (不定期?)
- 穴水(前波-甲)-能登島(祖母ヶ浦-�虧�-野崎-日出ヶ島-二穴)-七尾 (1966?)
- 能登島(向田)-穴水? (1982-?)
- 佐久島-吉良(吉田) (1984)
- 蒲郡-西浦-日間賀島-篠島-伊良湖-鳥羽
- 河和-日間賀島-篠島-佐久島-伊良湖
- 名古屋-篠島-伊良湖-鳥羽
- 名古屋-内海-篠島-日間賀島 (季節便)
- 四日市-内海-篠島-日間賀島 (季節便)
- 紀伊大島(大島)-串本 (串本フェリー)
- 紀伊大島()-串本 (大島交通船)
- 紀伊大島()-串本 (大島交通船)
- 淡路島(大磯)-須磨
- 淡路島(大磯)-神戸
- 淡路島(津名)-西宮
- 淡路島(津名)-深日 (深日海運)
- 淡路島(志筑)-西宮 (甲子園高速フェリー)
- 淡路島(志筑)-泉大津 (南海中央フェリー)
- 淡路島(洲本)-淡路島(津名)-神戸-大阪天保山 (休止)
- 淡路島(洲本)-神戸 (共同汽船)
- 淡路島(洲本)-泉佐野 (2007休止)
- 淡路島(洲本)-深日 (大阪湾航送船)
- 淡路島(洲本-由良)-深日 (深日海運?)
- 淡路島(富島)-明石 (2008/5/19から休止 淡路ジェノバライン)
- 淡路島(江井-富島)-明石
- 淡路島(洲本)-(淡路島(津名)-関西空港 (2007休止)
- 淡路島(洲本)-関西空港
- 淡路島(津名)-関西空港
- 淡路島(福良)-鳴門
- 淡路島(阿那賀)-鳴門(亀浦) (淡路フェリーボート)
- 鳴門(亀浦)-淡路島(湊)-神戸
- 沼島-淡路島(福良) (南淡汽船)
瀬戸内(本四連絡、寄港便含む)
- 高松-小豆島(坂手)-神戸・大阪
- 小豆島(坂手)-神戸空港-神戸(中突堤) (2008/4 セラヴィ観光汽船)
- 小豆島(福田)-赤穂-西島-家島-神戸
- 小豆島(福田)-赤穂
- 日生-犬島-小豆島(土庄)-高松
- 水島-広島(江ノ浦)-丸亀 (三洋汽船)
- 下津井-丸亀
- 児島-本島(泊)-丸亀
- 小与島-与島? (個人?)
- 福山-白石島-丸亀
- 福山-多度津 (せとうち物流、08年8月末廃止)
- 鞆-多度津 (瀬戸内海汽船)
- 粟島-多度津 (板倉海運)
- 田島(幸崎)-福山(敷名)
- 横島-田島(大浦)-常石
- 横島-百島(福田)-尾道
- 横島-田島(天満)-常石-百島(福田)-満越-向島(歌)-戸崎-尾道
- 向島(津部田-道越)-岩子島-尾道(吉和)
- 因島(大浜しまなみビーチ)-尾道(駅前) (運休中?)
- 因島(大浜)-向島(津部田)-尾道(吉和) (向島運航)
- 因島(重井東)-尾道
- 因島(土生)-尾道
- 因島(土生-小用-大浜)-尾道
- 尾道-松山
- 尾道-大三島(?)-松山 (1999,石崎汽船)
- 尾道-今治 (愛媛汽船)
- 尾道-因島(土生)-今治
- 尾道-因島(土生)-伯方島(木浦)-今治
- 尾道-生口島(瀬戸田)-大三島(井口)-松山
- 尾道-生口島(瀬戸田)-大三島(宮浦)-松山-三津浜
- 尾道-生口島(瀬戸田)-(大三島)-今治
- 尾道-四阪島-新居浜
- 尾道-厳島(宮島) (瀬戸内海汽船)
- 弓削島-生名島(立石)-因島(土生)-尾道(新浜-駅前) (瀬戸内クルージング、2012年05月末廃止)
- 因島(土生)-大三島(瀬戸)-伯方島(熊口)-今治
- 因島(土生)-伯方島(木浦)-今治
- 因島(土生)-生名島-弓削島-佐島-岩城島-伯方島(木浦) (芸予観光フェリー、2008年05月末廃止)
- 小佐木島-三原 (小佐木島渡船委員会,2005)
- 生口島(瀬戸田)-因島(？) (池本汽船)
- 生口島(五本松)-伯方島(北浦) (三光汽船)
- 三原-今治 (瀬戸内海汽船/昭和海運)
- 三原-生口島(瀬戸田)-大三島(井口)-今治
- 三原-生口島(沢-瀬戸田)-大三島(井口-盛)-大久野島-忠海
- 三原-松山
- 竹原-大三島(宮浦)-大崎上島(木江)-今治
- 竹原-大三島(宮浦)-波方
- 長島-大崎上島
- 大芝島-小松原 (1997)
- 大崎下島(御手洗-大長-久比)-豊島-上蒲刈島(宮盛)-仁方 (山陽商船,廃止?)
- 大崎下島(立花)-豊島-上蒲刈島(大浦) (山陽商船、08年11月18日廃止)
- 川尻-上蒲刈島(田戸) (2000,蒲刈フェリー)
- 波方-竹原 (中四国フェリー、2009/03)
- 仁方-今治
- 仁方-下蒲刈島(見戸代-丸谷-三之瀬)-上蒲刈島(向) (2000,安芸汽船)
- 仁方-上蒲刈島(田戸-宮盛-大浦)-豊島-大崎下島(-立花-久比-大長-御手洗)-岡村島-今治
- 仁方-上蒲刈島(宮盛)-豊島-大崎下島(久比-大長)-今治 (せと観光ボート、08/11/18廃止(今治-川尻に航路変更))
- 今治-大三島(宗方)-大崎上島(木江)-大三島(宮浦)
- 今治-大島(下田水-幸)-津島
- 今治-岡村島-大崎下島(御手洗-大長)
- 岩国-松山
- 金輪島-広島(鯛尾) (金輪島会)
- 広島(宇品)-呉-上蒲刈島(宮盛)-豊島-大崎下島(久比-大長)-今治 (2006,広今あきなだ高速)
- 西能美島(三高)-江田島(大須)-似島-宇品 (2007)
- 大君-柿浦-秋月-呉(中央) (大昭汽船)
- 周防大島(屋代島)(小松)-大畠 (1976、国鉄大島航路)
- 周防大島(屋代島)(小松)-笠佐島-柳井 (1977)
西海・五島列島
天草
- 天草下島(本渡)-水俣 (2007/05)
- 天草下島(本渡)-熊本 (熊本フェリー、2009/03/31)
- 天草松島(牛深)-水俣 (2006/08)
- 天草松島(牛深)-下須島(天附) (2009/8)
奄美
- 喜界島(湾)-奄美大島(宇宿) (日東商船等) (2011年)
- 加計呂麻島(各集落)-古仁屋等
沖縄
- 石垣島-宮古島(平良)-那覇 (2006,琉球海運)
- 古宇利島-運天 (2005)
港湾・沿岸短絡・湖沼 †
生活航路・中距離 †
- 小樽-浜益(-雄冬-増毛)
- 雄冬-毛間振-岩尾-歩古丹-増毛 (雄冬海運)
- 岩内-神恵内-川白-余別 (神威航運)
- 青森-脇野沢-川内-大湊 (青森商船)
- 青森-大間 (青森商船)
- 気仙沼-大島(外浜)-唐桑(鮪立)-唐桑(小鯖) (2007,唐桑汽船)
- 塩竃-大高森 (松島湾、塩竃市営)
- 土浦-浮島-潮来 (霞ヶ浦、水郷汽船)
- 閘門-浮島・潮来 (霞ヶ浦、水郷汽船)
- 木更津-東京 (東京湾高速船)
- 木更津-横浜(高島) (東京湾フェリー)
- 木更津-川崎(浮島) (日本カーフェリー)
- 館山-東京 (東京湾高速船)
- 富津-横須賀 (京浜汽船)
- 富津-横浜(山下) (京浜汽船)
- 市原(五井)-川崎(浮島) (日本カーフェリー)
- 江ノ島-熱海-伊東 (日本高速船)
- 富士(田子の浦)-土肥?
- 沼津-井田?-戸田-土肥-八木沢-宇久須-安良里-田子-堂ヶ島-松崎-妻良?-下田? (静岡観光汽船)
- 沼津-戸田-土肥-松崎 (伊豆箱根汽船)
- 沼津-三津 (伊豆箱根汽船)
- 沼津-大瀬 (伊豆箱根汽船)
- 清水-下田
- 清水-松崎 (季節運行)
- 鷲津-新所-入出 (浜名湖)
- 鷲津-瀬戸-舘山寺 (浜名湖)
- 弁天島-舘山寺 (浜名湖)
- 弁天島-瀬戸 (浜名湖)
- 七尾-(和倉)-宇出津・小木・飯田 (奥能登航路 1981)
- 糸魚川-珠洲(飯田) (富山湾)
- 富山-珠洲(飯田) (富山湾)
- 豊橋-蒲郡-西浦-鳥羽 (伊勢湾)
- 名古屋-鳥羽 (伊勢湾)
- 四日市-中部国際空港 ((伊勢湾)、セラヴィ観光汽船->YAL、2008年10月廃止)
- 伊勢-中部国際空港 (伊勢湾)
- 鳥羽-師崎 (伊勢湾 2005/2)
- 鳥羽-常滑 (伊勢湾 2007/3)
- 五カ所-宿浦-相賀 (五ヶ所湾)
- 須賀利-尾鷲 (尾鷲湾,須賀利巡航船：時刻表) (尾鷲市 2012/9/30)
- 舞鶴湾
- 宮津-岩ヶ鼻-伊根亀島
- 東神戸-泉大津
- 大阪-神戸-和歌山-白浜
- 松崎-浅津温泉(現:羽合温泉) (東郷湖、浅津汽船)
- 美保関(宇井)-境港(相生) (境水道 2007/3)
- 美保関-福浦-境港 (境水道)
- 美保関-福浦-境港-大根島(寺津)-本庄-大根島(入江-波入)-松江 (中海、合同汽船)
- 境港-松江 (中海)？
- 米子-安来-波入-松江 (中海)？
- 油屋湾(山口)
- 浦崎-戸崎-尾道 (沿岸)
- 向島(山波)-尾道(肥浜) (桑田渡船(宮本汽船)、2011年3月廃止)
- 向島(彦ノ上)-尾道(久保) (尾道水道、岸本渡船→しまなみフェリー、2008年5月廃止)
- 向島(有井)-尾道(新浜) (尾道水道、玉里渡船(有井渡船)、2001年廃止)
- 向島(彦ノ上)-尾道(浄土寺下) (尾道水道、玉里渡船(浄土寺下渡船)、1999年廃止)
- 向島(水場)-尾道(戸崎) (尾道水道)
- 戎ヶ下-百済部? (山口・南周防大橋)
- 大分-大分空港 (大分ホバーフェリー 2009/10/31)
- 三角-島原(島原湾・2006/8・再開模索中)
- 指宿-大根占 (なんきゅうフェリー)
- 古仁屋-名瀬 (奄美大島)
- 西古見-古仁屋 (瀬戸内町)
- 西古見-管鈍-花天-古仁屋 (瀬戸内町)
- 阿鉄-古仁屋 (瀬戸内町)
- 篠川-古仁屋 (瀬戸内町)
観光船 †
- ウトロ-羅臼
- 男鹿(船川)-門前-男鹿水族館 (男鹿海上観光)
- 浄土ヶ浜-田老-真崎-島ノ越-太田名部
- 陸中山田-田の浜
- 日の出桟橋-船の科学館-しながわ水族館 (2008,東京都観光汽船)
- 城ヶ島-油壷 (2007/12)
- 箱根町-元箱根-山のホテル (2008/11/28,箱根観光船)
- 波勝崎-松崎-雲見-堂ヶ島 (堂ヶ島マリン:予約制化)
- 波勝崎-子浦-妻良 (堂ヶ島マリン:予約制化)
- 波勝崎-雲見 (西伊豆汽船)
河川(道路渡船) †
- 葛木渡船(木曽川・長良川) (2011/03/30)
- 日原(塩田)渡船場(木曽川・長良川) (2011/03/30)
- 如意の渡し (小矢部川、伏木港湾交通、09/8/2)
- 関西電力小牧渡船(小牧-大牧-祖山) 途中の大牧までは現役
- 関西電力祖山渡船(祖山-下梨) (冬期運航) 1966年頃の時刻表
- 玄武洞
架橋により廃止は数知れず
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